Аниме "Тайная жизнь пингвинов" рассказывает о любознательном четверокласснике по имени Аояма, который ведет дневник, куда записывает все свои открытия и эксперименты. Однажды в его родном городе вдали от морского побережья необъяснимым образом появляются пингвины. Мальчик считает, что это странное событие связано с работницей стоматологической клиники - девушка выбрасывает банку, и та превращается в пингвина. А когда на окраине города возникает некая океаническая сфера, Аояма с...

Во время летних каникул компания шестиклассников отправляется полазить по старому дому, предназначенному под снос. Заигравшись, ребята попадают в некую аномалию и обнаруживают, что здание теперь находится посреди безбрежного океана и дрейфует в неизвестном направлении. Вопрос с приключениями решён, теперь осталось выяснить, как вернуться домой....