Однажды иммигрант из Японии Хамато Йоши купил себе домашних питомцев - четырех черепашек. Но под воздействием мутагена Йоши превратился в полукрысу-получеловека Сплинтера, а черепашки выросли до огромных размеров и обрели человеческие черты и качества. Под землей, в трубах коллектора, Сплинтер вырастил их как собственных сыновей, обучив дисциплине, философии и боевым искусствам - всему тому, что поможет выжить. И вот, пятнадцать лет спустя, Черепашки-ниндзя готовы бросить вызов улицам...

Мультфильм Эволюция Черепашек-ниндзя повествует про четырёх героев. Хоть они и мутанты и выглядят как человекоподобные черепахи, они стоят на страже порядка и защищают Нью-Йорк от зла. Но теперь Рафаэлю, Донателло, Микеланджело, и Леонардо необходимо бросить своё логово под канализацией, и отправиться в путешествие. Для того, чтобы найти приключения и проверить свои навыки, они идут в различные места, где узнают много нового о себе. Это меняет их, делая совершенно другими. А именно...